Михаил Фоменко, один из лучших советских защитников 70-х годов, как тренер имеет несравненно меньше заслуг, хотя число команд, которыми он руководил, внушительно.

Фоменко завершил игровую карьеру в 1978 году в 30-летнем возрасте из-за травмы спины. После этого два года занимался в Высшей школе тренеров, получил диплом и приступил к тренерской деятельности.

Главный тренер клуба «Фрунзенец» Сумы (1979). Тренер клуба «Динамо» Киев (1980—1984).

Главный тренер команд: «Десна» Чернигов (1985—1986), «Кривбасс» Кривой Рог (1987), «Гурия» Ланчхути (1987—1989), «Рашид» Багдад и сборной Ирака (1990), «Автомобилист» Сумы (1991—1992).

После распада СССР главный тренер клубов и сборных: «Динамо» Киев (1992—1993), «Верес» Ровно (1994), сборной Гвинеи (1994), «ЦСКА-Борисфен» Киев (1994—1996), «Металлист» Харьков (1996—2000, 2001—2002, 2003), ЦСКА Киев (2000—2001), «Металлург» Запорожье (2003), «Таврия» Симферополь (2006—2008), «Салют» Белгород (2010-2011).

Наиболее показательной сам Фоменко считает свою работу в «Гурии», с которым в 1989 вышел в высшую лигу чемпионата СССР по футболу (правда в 1990 клубы Грузии вышли из союзных футбольных турниров и Фоменко не смог продолжить работу с клубом).

Единственными двумя титулами Фоменко-тренера остаются золотые медали чемпионата Украины и Кубок страны, завоеванные с киевским "Динамо" в 1993 году.