Потерпев неудачу на групповом этапе Лиги чемпионов УЕФА, "Вердер" показывал самый зрелищный футбол среди всех участников Кубка УЕФА - бременцы в восьми матчах турнира забили 15 мячей, пропустив сразу 12.

Лига чемпионов, группа В

"Вердер" начал борьбу на групповом этапе с нулевой ничьей в домашнем поединке с "Анортосисом". Далее последовали две ничьи, а в четвертом туре бременцы в родных стенах пропустили три безответных мяча от "Панатинаикоса". После этого дружина Томаса Шаафа разошлась миром с "Анортосисом" на выезде - 2:2. Перед последним туром "Вердер" занимал четвертое место в квартете, однако победа над "Интернационале" на "Везерштадион" с результатом 2:1 принесла представителю бундеслиги путевку в плей-офф Кубка УЕФА. По голу в ворота чемпионат Италии забили тогда Клаудио Писарро и Маркус Розенберг.

1/16 финала
"Вердер" - "Милан" 1:1
"Милан" - "Вердер" 2:2 (общ. 3:3, победа "Вердера" по правилу выездного гола)

"Вердер" весьма неубедительно играл в бундеслиге, и многие были уверены, что у бременцев нет никаких шансов в борьбе с главным фаворитом турнира. Ничья в Германии со счетом 1:1 тоже была на руку "россонери", которые к 33-й минуте ответной встречи на "Сан-Сиро" вели с разницей в два мяча. Однако в течение десяти минут второго тайма Писарро нанес два точных удара со "второго этажа", удивив всю футбольную Европу.

1/8 финала
"Вердер" - "Сент-Этьен" 1:0
"Сент-Этьен" - "Вердер" 2:2 (общ. 3:2)

Далее бременцы встретились с "Сент-Этьеном", который играл на внутренней арене еще более неудачно. Дома "Вердер" взял верх с минимальным преимуществом благодаря точному удару Налдо. Во Франции подопечные Шаафа вели с разницей в два мяча, но даже результативная ничья позволила им уверенно выйти в четвертьфинал.

1/4 финала
"Вердер" - "Удинезе" 3:1
"Удинезе" - "Вердер" 3:3 (общ. 6:4)

В двух матчах с "Удинезе" главной звездой был бразильский плеймейкер "Вердера" Диего. Дома бременцы выиграли с результатом 3:1, причем Диего оформил дубль. Впрочем, к перерыву ответного поединка "Вердер" проигрывал с тем же счетом. Однако Диего, который отличился и в первом тайме, после перерыва вновь сделал дубль. В концовке немцы не реализовали пенальти, после чего розыгрыш углового завершился неотразимым выстрелом Писарро - 3:3.

1/2 финала
"Вердер" - "Гамбург" 0:1
"Гамбург" - "Вердер" 2:3 (общ. 3:3, победа "Вердера" по правилу выездного гола)

"Вердер" уступил в трех предыдущих полуфиналах Кубка УЕФА и был близок к вылету и в четвертый раз, уступив "Гамбургу" на "Везерштадион" с минимальным счетом. Однако в ответном поединке на выезде бременцы одержали волевую победу. Ивица Олич вывел хозяев вперед уже в дебюте, на что команда Шаафа ответила голами Диего, Писарро и Франка Бауманна. В концовке Олич оформил дубль, но большего "Гамбург" добиться не сумел.