Начиная с легендарного сезона 2012/13, перед которым он присоединился к "Баварии", на Тома Штарке всегда можно было положиться, отмечается на fcbayern.com. За время своей профессиональной карьеры Штарке был достойным бэкапом Мануэля Нойера. После завершения карьеры Штарке стал работать координатором тренеров вратарей в академии клуба. В рамках этой деятельности Штарке отвечает за подготовку голкиперов "Баварии". Накануне Штарке исполнилось 39 лет.

В свой первый же сезон в Мюнхене Штарке внес важный вклад в грандиозное завоевание требла. Голкипер принял участие в трех матчах, в каждом из которых отстоял на ноль. Особенно запомнилась 47-я минута домашнего матча против "Нюрнберга" 13 апреля 2013 года. При счете 3:0 в пользу "Баварии" "Нюрнберг" получил право на пенальти. К точке подошел Тимми Симмонс, до этого реализовавший все свои одиннадцатиметровые. Но Том Штарке прервал эту впечатляющую серию: голкипер "Баварии" головой отразил удар, приведя в восторг болельщиков и товарищей по команде.

В течение следующих лет "Бавария" всегда могла положиться на Спрута Штарке, как прозвали его болельщики. В футболке Рекордмайстера он провел в общей сложности 12 официальных матчей. Даже после завершения карьеры в 2017 году ему пришлось еще раз надеть перчатки из-за травмы Мануэля Нойера в сентябре 2017 года. В декабре после травмы Свена Ульрайха Штарке два раза вышел на поле. "Баварцы" минимально обыграли "Кельн" и "Айнтрахт", а Штарке оставил ворота на замке.